课程信息
4.6
47 个评分
6 个审阅
Курс «Введение в биоинформатику» адресован тем, кто хочет получить расширенное представление о том, что такое биоинформатика и как она помогает биологам и медикам в их работе. The course is aimed at those who would like to have a better idea of what bioinformatics is and how it helps biologists and medical scientists in research and clinical work....
Globe

100% 在线课程

立即开始,按照自己的计划学习。
Calendar

可灵活调整截止日期

根据您的日程表重置截止日期。
Beginner Level

初级

Clock

Approx. 22 hours to complete

建议:5 hours/week...
Comment Dots

Russian

字幕:Russian...
Globe

100% 在线课程

立即开始,按照自己的计划学习。
Calendar

可灵活调整截止日期

根据您的日程表重置截止日期。
Beginner Level

初级

Clock

Approx. 22 hours to complete

建议:5 hours/week...
Comment Dots

Russian

字幕:Russian...

教学大纲 - 您将从这门课程中学到什么

Week
1
Clock
完成时间为 1 小时

Неделя 1 - Введение (Week 1 - Introducton)

Первая неделя нашего курса посвящена основным концепциям геномной биоинформатики. Вы узнаете об истории этой дисциплины, основных методах и алгоритмах. Также вас ждет знакомство с реальной лабораторной работой - мы расскажем, как выделяется ДНК и откуда берутся данные, с которыми нам предстоит работать в дальнейшем. <br>The first week of our course covers the basic concepts of genome bioinformatics. You will learn about the history of this discipline, the main methods and algorithms. Also you will familiarize yourself with actual laboratory work - we will explain how DNA is extracted and where the sequencing data comes from....
Reading
8 个视频(共 61 分钟), 1 个测验
Video8 个视频
Сиквенсные проекты (Sequencing Projects)3分钟
Алгоритмы сборки (Assembly Algorithms)6分钟
Подходы к анализу данных (Data Analysis Approaches)6分钟
Знакомство с методами выделения геномной ДНК (Genomic DNA Isolation techniques overview) (13:49)13分钟
Определение количества и качества ДНК (DNA quality and quantity control) (07:37)7分钟
Подготовка ДНК-библиотек для секвенатора Illumina MiSeq (DNA-library preparation for Illumina MiSeq platform) (13:21)13分钟
Запуск секвенатора Illumina MiSeq (Illumina MiSeq sequencer running) (03:25)3分钟
Quiz1 个练习
Тест 1 (Quiz 1)20分钟
Week
2
Clock
完成时间为 1 小时

Неделя 2 - Технологии секвенирования (Sequencing Technologies)

Добро пожаловать на вторую неделю нашего курса! Эта неделя будет посвящена обзору методов секвенирования ДНК. Вы узнаете об истории развития этих технологий и принципах, на которых они основаны. <br>Welcome to the second week of the course! This week will be dedicated to Next Generation DNA Sequencing technologies. You will learn about the new methods development and main approaches that gave base to NGS....
Reading
4 个视频(共 41 分钟), 1 个测验
Video4 个视频
Обзор технологий нового поколения (NGS Technologies Overview)7分钟
454, Ion Torrent, SOLiD, Illumina14分钟
Synthetic Long Reads, PacBio, Oxford Nanopore9分钟
Quiz1 个练习
Тест 2 (Quiz 2)20分钟
Week
3
Clock
完成时间为 1 小时

Неделя 3 - Контроль качества (Quality Control)

На этой неделе вы уже можете приступить к работе над геномным проектом. В лекциях мы поговорим о формате представления исходных данных и контроле качества. Также мы подготовили для вас небольшое введение в операционную систему Linux, так как большинство необходимых нам программ разработаны именно для нее. <br>This week your can start working on the real genome project. This week lectures will cover raw data formats and aspects of quality control. Also we offer you a brief introduction to the Linux, because the majority of bioinformatics tools developed for this operation system....
Reading
6 个视频(共 50 分钟), 1 个测验
Video6 个视频
Форматы данных, шкала Phred (Data Formats, Phred Scale)4分钟
Проверка качества. FastQC (Quality Check. FastQC)10分钟
Пример - часть 1 (Case Study - part 1)9分钟
Пример - часть 2 (Case Study - part 2)8分钟
Введение в Linux (Introduction to Linux)13分钟
Quiz1 个练习
Тест 3 (Quiz 3)20分钟
Week
4
Clock
完成时间为 2 小时

Неделя 4 - Сборка ДНК de novo (De novo DNA assembly)

Добро пожаловать на четвертую неделю нашего курса. Она будет посвящена сборке геномов de novo. Вы узнаете о различных подходах к секвенированию малоизученных организмов, и о проблемах, которые при этом возникают. Также мы расскажем о работе алгоримов, используемых при сборке новых геномов. Оставайтесь с нами! <br>Welcome to the fourth week of our course. It will be dedicated to de novo genome assembly. You will hear about different sequencing approaches of unknown organisms, and the problems associated with this task. We will also talk about algorithms used for the assembly of new genomes. Stay tuned!...
Reading
7 个视频(共 72 分钟), 1 个测验
Video7 个视频
Сборка ДНК de novo - часть 2 (De novo DNA assembly - part 2)15分钟
Алгоритмы (Algorithms)6分钟
Сложность алгоритмов (Algorithms Complexity)9分钟
Overlap Layout Concensus9分钟
Графы де Брюйна (De Bruijn Graphs)8分钟
Алгоритмы сборки геномов (Genome Assembly Algorithms)10分钟
Quiz1 个练习
Тест 4 (Quiz 4)20分钟

讲师

Alla L Lapidus

Professor, Department of Cytology and Histology
Centre For Algorithmic Biotechnology

Павел Добрынин

Младший научный сотрудник
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского

Михаил Райко

Постдок
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского

Екатерина Черняева

Постдок
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского

关于 Saint Petersburg State University

The Saint-Petersburg University (SPbU) is a state university, located in Saint-Petersburg, Russia. Founded in 1724, SPbU is the oldest institution of higher education in Russia. At present, there are more than 30 000 students in SPbU studying 398 programmes...

常见问题

  • Once you enroll for a Certificate, you’ll have access to all videos, quizzes, and programming assignments (if applicable). Peer review assignments can only be submitted and reviewed once your session has begun. If you choose to explore the course without purchasing, you may not be able to access certain assignments.

  • When you purchase a Certificate you get access to all course materials, including graded assignments. Upon completing the course, your electronic Certificate will be added to your Accomplishments page - from there, you can print your Certificate or add it to your LinkedIn profile. If you only want to read and view the course content, you can audit the course for free.

还有其他问题吗?请访问 学生帮助中心