课程信息
4.6
49 个评分
6 个审阅
100% 在线

100% 在线

立即开始,按照自己的计划学习。
可灵活调整截止日期

可灵活调整截止日期

根据您的日程表重置截止日期。
初级

初级

完成时间(小时)

完成时间大约为24 小时

建议:5 hours/week...
可选语言

俄语(Russian)

字幕:俄语(Russian)
100% 在线

100% 在线

立即开始,按照自己的计划学习。
可灵活调整截止日期

可灵活调整截止日期

根据您的日程表重置截止日期。
初级

初级

完成时间(小时)

完成时间大约为24 小时

建议:5 hours/week...
可选语言

俄语(Russian)

字幕:俄语(Russian)

教学大纲 - 您将从这门课程中学到什么

1
完成时间(小时)
完成时间为 1 小时

Неделя 1 - Введение (Week 1 - Introducton)

Первая неделя нашего курса посвящена основным концепциям геномной биоинформатики. Вы узнаете об истории этой дисциплины, основных методах и алгоритмах. Также вас ждет знакомство с реальной лабораторной работой - мы расскажем, как выделяется ДНК и откуда берутся данные, с которыми нам предстоит работать в дальнейшем. <br>The first week of our course covers the basic concepts of genome bioinformatics. You will learn about the history of this discipline, the main methods and algorithms. Also you will familiarize yourself with actual laboratory work - we will explain how DNA is extracted and where the sequencing data comes from....
Reading
8 个视频 (总计 61 分钟), 1 个测验
Video8 个视频
Сиквенсные проекты (Sequencing Projects)3分钟
Алгоритмы сборки (Assembly Algorithms)6分钟
Подходы к анализу данных (Data Analysis Approaches)6分钟
Знакомство с методами выделения геномной ДНК (Genomic DNA Isolation techniques overview) (13:49)13分钟
Определение количества и качества ДНК (DNA quality and quantity control) (07:37)7分钟
Подготовка ДНК-библиотек для секвенатора Illumina MiSeq (DNA-library preparation for Illumina MiSeq platform) (13:21)13分钟
Запуск секвенатора Illumina MiSeq (Illumina MiSeq sequencer running) (03:25)3分钟
Quiz1 个练习
Тест 1 (Quiz 1)20分钟
2
完成时间(小时)
完成时间为 1 小时

Неделя 2 - Технологии секвенирования (Sequencing Technologies)

Добро пожаловать на вторую неделю нашего курса! Эта неделя будет посвящена обзору методов секвенирования ДНК. Вы узнаете об истории развития этих технологий и принципах, на которых они основаны. <br>Welcome to the second week of the course! This week will be dedicated to Next Generation DNA Sequencing technologies. You will learn about the new methods development and main approaches that gave base to NGS....
Reading
4 个视频 (总计 41 分钟), 1 个测验
Video4 个视频
Обзор технологий нового поколения (NGS Technologies Overview)7分钟
454, Ion Torrent, SOLiD, Illumina14分钟
Synthetic Long Reads, PacBio, Oxford Nanopore9分钟
Quiz1 个练习
Тест 2 (Quiz 2)20分钟
3
完成时间(小时)
完成时间为 1 小时

Неделя 3 - Контроль качества (Quality Control)

На этой неделе вы уже можете приступить к работе над геномным проектом. В лекциях мы поговорим о формате представления исходных данных и контроле качества. Также мы подготовили для вас небольшое введение в операционную систему Linux, так как большинство необходимых нам программ разработаны именно для нее. <br>This week your can start working on the real genome project. This week lectures will cover raw data formats and aspects of quality control. Also we offer you a brief introduction to the Linux, because the majority of bioinformatics tools developed for this operation system....
Reading
6 个视频 (总计 50 分钟), 1 个测验
Video6 个视频
Форматы данных, шкала Phred (Data Formats, Phred Scale)4分钟
Проверка качества. FastQC (Quality Check. FastQC)10分钟
Пример - часть 1 (Case Study - part 1)9分钟
Пример - часть 2 (Case Study - part 2)8分钟
Введение в Linux (Introduction to Linux)13分钟
Quiz1 个练习
Тест 3 (Quiz 3)20分钟
4
完成时间(小时)
完成时间为 2 小时

Неделя 4 - Сборка ДНК de novo (De novo DNA assembly)

Добро пожаловать на четвертую неделю нашего курса. Она будет посвящена сборке геномов de novo. Вы узнаете о различных подходах к секвенированию малоизученных организмов, и о проблемах, которые при этом возникают. Также мы расскажем о работе алгоримов, используемых при сборке новых геномов. Оставайтесь с нами! <br>Welcome to the fourth week of our course. It will be dedicated to de novo genome assembly. You will hear about different sequencing approaches of unknown organisms, and the problems associated with this task. We will also talk about algorithms used for the assembly of new genomes. Stay tuned!...
Reading
7 个视频 (总计 72 分钟), 1 个测验
Video7 个视频
Сборка ДНК de novo - часть 2 (De novo DNA assembly - part 2)15分钟
Алгоритмы (Algorithms)6分钟
Сложность алгоритмов (Algorithms Complexity)9分钟
Overlap Layout Concensus9分钟
Графы де Брюйна (De Bruijn Graphs)8分钟
Алгоритмы сборки геномов (Genome Assembly Algorithms)10分钟
Quiz1 个练习
Тест 4 (Quiz 4)20分钟

讲师

Avatar

Alla L Lapidus

Professor, Department of Cytology and Histology
Centre For Algorithmic Biotechnology
Avatar

Павел Добрынин

Младший научный сотрудник
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
Avatar

Михаил Райко

Постдок
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского
Avatar

Екатерина Черняева

Постдок
Центр геномной биоинформатики им. Ф.Г.Добржанского

关于 Saint Petersburg State University

The Saint-Petersburg University (SPbU) is a state university, located in Saint-Petersburg, Russia. Founded in 1724, SPbU is the oldest institution of higher education in Russia. At present, there are more than 30 000 students in SPbU studying 398 programmes...

常见问题

  • 注册以便获得证书后,您将有权访问所有视频、测验和编程作业(如果适用)。只有在您的班次开课之后,才可以提交和审阅同学互评作业。如果您选择在不购买的情况下浏览课程,可能无法访问某些作业。

  • 您购买证书后,将有权访问所有课程材料,包括评分作业。完成课程后,您的电子课程证书将添加到您的成就页中,您可以通过该页打印您的课程证书或将其添加到您的领英档案中。如果您只想阅读和查看课程内容,可以免费旁听课程。

还有其他问题吗?请访问 学生帮助中心