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完成时间大约为31 小时

建议:视频,补充材料和测验共20小时...

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教学大纲 - 您将从这门课程中学到什么

1
完成时间为 2 小时

导论与历史

欢迎选学“生物信息学:导论与方法”网上课程!完成本模块的课程后你将可以:熟悉生物信息学的基本概念;了解生物信息这一年轻领域的历史;体会生物信息学的迅猛发展。课程补充材料可以加深你对课程讲座内容的理解,虽然小测和考试对这些内容不作要求。

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4 个视频 (总计 67 分钟), 2 个阅读材料, 1 个测验
4 个视频
什么是生物信息学 16分钟
生物信息学历史34分钟
中国大陆的生物信息学7分钟
2 个阅读材料
阅读参考10分钟
讲义10分钟
1 个练习
导论与历史20分钟
2
完成时间为 3 小时

序列比对

完成本模块的课程后你将可以: 掌握基于动态规划编程思想的序列比对算法; 区分Needleman-Wunsch全局比对算法和Smith-Waterman局部比对算法; 了解空位罚分背后的原理和计算算法的复杂度将帮助你在你自己的研究中应用现有的生物信息学工具; 你还可以一睹Smith-Waterman算法的发明人Michael Waterman博士的风采。

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8 个视频 (总计 114 分钟), 2 个阅读材料, 1 个测验
8 个视频
利用动态规划进行全局比对15分钟
从全局比对到局部比对6分钟
考虑仿射空位罚分的序列比对,以及如何计算Needleman-Wunsch算法的时间复杂度6分钟
关于同源、相似性、相似性矩阵和点阵图10分钟
M.S. Waterman教授访谈 29分钟
学生课堂报告(一)18分钟
学生课堂报告(二)11分钟
2 个阅读材料
阅读参考10分钟
讲义10分钟
1 个练习
序列比对18分钟
3
完成时间为 1 小时

序列数据库搜索

完成本模块的课程后你将可以:熟悉序列数据库搜索和最常见的序列数据库;领略BLAST背后算法的奥妙;掌握日后在你自己的科研项目中调节BLAST参数的方法。

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3 个视频 (总计 37 分钟), 2 个阅读材料, 1 个测验
3 个视频
BLAST算法初探10分钟
学生课堂报告15分钟
2 个阅读材料
阅读参考10分钟
讲义10分钟
1 个练习
序列数据库搜索10分钟
4
完成时间为 2 小时

马尔可夫模型

完成本模块的课程后你将可以:了解状态转移、马尔科夫链、马尔科夫模型的基本概念;亲手完成一个隐马尔科夫模型;利用隐马尔可夫模型在一个实际的生物学问题中作出预测。

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7 个视频 (总计 70 分钟), 2 个阅读材料, 1 个测验
7 个视频
隐马尔可夫模型 9分钟
用隐马尔可夫模型建立预测模型 8分钟
学生课堂报告(一)16分钟
学生课堂报告(二)11分钟
学生课堂报告(三)8分钟
学生实践8分钟
2 个阅读材料
阅读参考10分钟
讲义10分钟
1 个练习
马尔可夫模型14分钟
5
完成时间为 2 小时

新一代测序NGS:重测序的回帖和变异鉴定

完成本模块的课程后你将可以:描述新一代测序的特点;了解你得到的NGS变异结果是用哪些序列回帖和变异鉴定方法完成的;亲历NGS数据分析流程,体会其中生物信息工具在NGS数据分析中的应用。本模块是模块7的先修模块。

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7 个视频 (总计 73 分钟), 2 个阅读材料, 1 个测验
7 个视频
序列回帖和变异鉴定 13分钟
序列回帖和变异鉴定的分析演示7分钟
关于回帖、变异鉴定9分钟
关于基因型鉴定18分钟
Ion Torrent PGM测序介绍10分钟
3730 Sanger测序介绍3分钟
2 个阅读材料
阅读参考10分钟
讲义10分钟
1 个练习
新一代测序NGS:重测序的回帖和变异鉴定10分钟
6
完成时间为 2 小时

变异的功能预测

完成本模块的课程后你将可以:了解什么是变异功能预测和如何进行变异功能预测;在你得到一些可能的变异位点时学会利用变异数据库解决自己的研究问题;了解变异预测工具(SIFT,Polyphen和SAPRED等)背后的机理差异并会在自己的研究课题中按需应用这些工具。

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6 个视频 (总计 100 分钟), 2 个阅读材料, 1 个测验
6 个视频
问题概述16分钟
记录变异的数据库11分钟
基于保守性和规则的预测方法:SIFT和PolyPhen21分钟
基于机器学习分类器的预测方法:SAPRED17分钟
支持向量机简介 18分钟
学生课堂报告 14分钟
2 个阅读材料
阅读参考10分钟
讲义10分钟
1 个练习
变异的功能预测14分钟
7
完成时间为 2 小时

期中考试

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1 个测验
1 个练习
期中考试1 小时 40 分
8
完成时间为 2 小时

新一代测序NGS:转录组分析RNA-Seq

完成本模块的课程后你将可以:了解转录组数据是如何产生的;掌握转录组分析中的重要计算方法;体验RNA-seq的数据分析流程;本模块是模块9的先修模块。

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9 个视频 (总计 107 分钟), 2 个阅读材料, 1 个测验
9 个视频
RNA测序数据回帖与组装10分钟
RNA-seq数据分析22分钟
Maynard Olson教授访谈 9分钟
学生课堂报告(一)13分钟
学生课堂报告(二)9分钟
学生课堂报告(三)8分钟
学生课堂报告(四)11分钟
学生实践9分钟
2 个阅读材料
阅读参考10分钟
讲义10分钟
1 个练习
新一代测序NGS:转录组分析RNA-Seq16分钟
9
完成时间为 2 小时

非编码RNA的预测及分析

完成本模块的课程后你将可以:掌握从转录组数据中分析非编码RNA的方法;掌握从NGS数据中鉴定长非编码RNA(lncRNA)并预测其功能的方法。

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5 个视频 (总计 58 分钟), 2 个阅读材料, 1 个测验
5 个视频
数据挖掘: 长非编码RNA的鉴定9分钟
数据挖掘: 差异表达与聚类分析10分钟
变量选择与聚类分析14分钟
Illumina HiSeq & MiSeq测序仪介绍13分钟
2 个阅读材料
阅读参考10分钟
讲义10分钟
1 个练习
非编码RNA的预测及分析14分钟
10
完成时间为 2 小时

本体论、分子通路鉴定

完成本模块的课程后你将可以:了解本体论和基因本体轮等重要定义;了解KEGG通路数据库;了解GO的注释消息;在药物成瘾研究中学会使用KOBAS进行通路分析。

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8 个视频 (总计 84 分钟), 2 个阅读材料, 1 个测验
8 个视频
KEGG分子通路数据库8分钟
GO注释7分钟
分子通路鉴定 18分钟
应用:药物成瘾共同分子通路的鉴定6分钟
数据库系统简介5分钟
KOBAS演示 7分钟
学生演示KOBAS9分钟
2 个阅读材料
阅读参考10分钟
讲义10分钟
1 个练习
本体论、分子通路鉴定12分钟
11
完成时间为 1 小时

生物信息数据库及软件资源

完成本模块的课程后你将可以:高屋建瓴的去了解最重要的生物信息资源(生物信息数据库和软件工具等);对NCBI, EBI, UCSC 基因组浏览器这样集中型的生物信息资源与各种独立的生物信息资源的概况有广泛的了解和认识;将你的研究内容和相关生物信息资源联系在一起。

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6 个视频 (总计 58 分钟), 1 个阅读材料, 1 个测验
6 个视频
美国国家生物信息中心(NCBI)资源11分钟
欧洲生物信息中心(EBI)资源 10分钟
UCSC基因组浏览器5分钟
其他主要生物信息资源5分钟
学生介绍CBI资源8分钟
1 个阅读材料
讲义10分钟
1 个练习
生物信息数据库及软件资源10分钟
12
完成时间为 2 小时

研究案例 I -- 新基因起源

完成本案例模块的课程后你将可以:体验生物信息数据、方法和分析是如何解决一个重要的演化问题的;领略物种特异性新基因的起源、演化、功能研究和分析方法;和享誉全球的新基因研究泰斗——芝加哥大学龙漫远教授一起学习建立系统发育树(选学)。

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5 个视频 (总计 89 分钟), 2 个阅读材料, 1 个测验
5 个视频
新基因鉴定及演化分析: 大脑演化的驱动力13分钟
从非编码RNA起源的从头起源新基因18分钟
一个与成瘾相关的人类特异的从头起源的新基因 11分钟
学生课堂报告12分钟
2 个阅读材料
阅读参考10分钟
讲义10分钟
1 个练习
新基因起源10分钟
13
完成时间为 1 小时

研究案例II- DNA甲基化酶的演化功能分析

完成本案例模块的课程后你将可以:亲历生物信息学方法对DNA甲基化酶的功能和演化的研究;与中科院院士、同济大学校长裴刚教授一起分享科研经历和对网络开放课程的哲思。

...
5 个视频 (总计 70 分钟), 1 个阅读材料
5 个视频
从干实验到湿实验——一个演化问题 第2部分7分钟
裴钢教授关于研究背景的介绍25分钟
裴钢教授访谈20分钟
学生课堂报告 10分钟
1 个阅读材料
讲义10分钟
14
完成时间为 1 小时

期末考试

...
1 个测验
1 个练习
期末考试1 小时 20 分
4.7
49 个审阅Chevron Right

50%

完成这些课程后已开始新的职业生涯

80%

通过此课程获得实实在在的工作福利

50%

加薪或升职

来自生物信息学: 导论与方法的热门评论

创建者 FFOct 3rd 2015

课程对于入门还是不错的,讲了很多生物信息学所用到的理论和方法,但感觉有些问题可以再细致一些,比如二代测序的具体原理等等,总之是个不错的课程

创建者 WSMar 28th 2016

Interesting and well organized , like it ~ xiexie nong ~

讲师

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Ge Gao 高歌, Ph.D.

Assistant Professor, Principle Investigator
Center for Bioinformatics, School of Life Science
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Liping Wei 魏丽萍, Ph.D.

Professor, Director
Center for Bioinformatics, School of Life Sciences

关于 北京大学

Peking University is determined to make its education openly accessible to students in China and around the world. With over 3000 faculty members, Peking University offers excellence in teaching and learning. Founded in 1898, Peking University (PKU) was the first national comprehensive university in China. For the past 115 years, with its hundreds of thousands of outstanding alumni, Peking University has made prominent contributions in the humanities and sciences to further China's prosperity and progress....

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