课程信息
4.0
150 个评分
33 个审阅
专项课程

第 6 门课程(共 8 门)

100% 在线

100% 在线

立即开始,按照自己的计划学习。
可灵活调整截止日期

可灵活调整截止日期

根据您的日程表重置截止日期。
完成时间(小时)

完成时间大约为16 小时

建议:6 hours/week...
可选语言

英语(English)

字幕:英语(English)

您将获得的技能

BioinformaticsBioconductorGenomicsR Programming
专项课程

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教学大纲 - 您将从这门课程中学到什么

1
完成时间(小时)
完成时间为 3 小时

Week One

The class will cover how to install and use Bioconductor software. We will discuss common data structures, including ExpressionSets, SummarizedExperiment and GRanges used across several types of analyses....
Reading
16 个视频 (总计 126 分钟), 3 个阅读材料, 1 个测验
Video16 个视频
Installing R on A Mac 2分钟
Installing R Studio on a Mac 1分钟
What is Bioconductor7分钟
Installing Bioconductor3分钟
The Bioconductor Website9分钟
Useful Online Resources5分钟
R Base Types18分钟
GRanges - Overview4分钟
IRanges - Basic Usage12分钟
GenomicRanges - GRanges8分钟
GenomicRanges - Basic GRanges Usage8分钟
GenomicRanges - seqinfo6分钟
AnnotationHub8分钟
Usecase: AnnotationHub and GRanges, part 112分钟
Usecase: AnnotationHub and GRanges, part 213分钟
Reading3 个阅读材料
Welcome10分钟
Syllabus10分钟
Pre Course Survey10分钟
Quiz1 个练习
Quiz 120分钟
2
完成时间(小时)
完成时间为 2 小时

Week Two

In this week we will learn how to represent and compute on biological sequences, both at the whole-genome level and at the level of millions of short reads....
Reading
8 个视频 (总计 81 分钟), 1 个测验
Video8 个视频
Biostrings7分钟
BSgenome6分钟
Biostrings - Matching6分钟
BSgenome - Views9分钟
GenomicRanges - Rle12分钟
GenomicRanges - Lists6分钟
GenomicFeatures18分钟
rtracklayer - Data Import14分钟
Quiz1 个练习
Quiz 220分钟
3
完成时间(小时)
完成时间为 2 小时

Week Three

In this week we will cover Basic Data Types, ExpressionSet, biomaRt, and R S4....
Reading
9 个视频 (总计 79 分钟), 1 个测验
Video9 个视频
Annotation Overview4分钟
ExpressionSet Overview4分钟
ExpressionSet9分钟
SummarizedExperiment7分钟
GEOquery6分钟
biomaRt13分钟
R S4 Classes16分钟
R S4 Methods10分钟
Quiz1 个练习
Quiz 320分钟
4
完成时间(小时)
完成时间为 2 小时

Week Four

In this week, we will cover Getting data in Bioconductor, Rsamtools, oligo, limma, and minfi...
Reading
7 个视频 (总计 81 分钟), 1 个阅读材料, 1 个测验
Video7 个视频
Short Read4分钟
Rsamtools12分钟
oligo14分钟
limma16分钟
minfi11分钟
Count-based RNA-seq analysis15分钟
Reading1 个阅读材料
Post Course Survey10分钟
Quiz1 个练习
Quiz 420分钟
4.0
33 个审阅Chevron Right

热门审阅

创建者 MAMar 12th 2016

Excellent introduction to Bioconductor. Thanks to the team. However, absence of inputs from TA or Instructor was felt in the discussion.

创建者 ABApr 12th 2018

Amazing course, motivated me to use bio conductor for descriptive seq studies of DNA.

讲师

Avatar

Kasper Daniel Hansen, PhD

Assistant Professor, Biostatistics and Genetic Medicine
Bloomberg School of Public Health

关于 Johns Hopkins University

The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world....

关于 Genomic Data Science 专项课程

This specialization covers the concepts and tools to understand, analyze, and interpret data from next generation sequencing experiments. It teaches the most common tools used in genomic data science including how to use the command line, Python, R, Bioconductor, and Galaxy. The sequence is a stand alone introduction to genomic data science or a perfect compliment to a primary degree or postdoc in biology, molecular biology, or genetics. To audit Genomic Data Science courses for free, visit https://www.coursera.org/jhu, click the course, click Enroll, and select Audit....
Genomic Data Science

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