课程信息

56,555 次近期查看

学生职业成果

43%

完成这些课程后已开始新的职业生涯

33%

通过此课程获得实实在在的工作福利
可分享的证书
完成后获得证书
100% 在线
立即开始,按照自己的计划学习。
第 4 门课程(共 8 门)
可灵活调整截止日期
根据您的日程表重置截止日期。
完成时间大约为12 小时
英语(English)

您将获得的技能

Bioinformatics AlgorithmsAlgorithmsPython ProgrammingAlgorithms On Strings

学生职业成果

43%

完成这些课程后已开始新的职业生涯

33%

通过此课程获得实实在在的工作福利
可分享的证书
完成后获得证书
100% 在线
立即开始,按照自己的计划学习。
第 4 门课程(共 8 门)
可灵活调整截止日期
根据您的日程表重置截止日期。
完成时间大约为12 小时
英语(English)

提供方

Placeholder

约翰霍普金斯大学

教学大纲 - 您将从这门课程中学到什么

内容评分Thumbs Up97%(3,190 个评分)Info
1

1

完成时间为 4 小时

DNA sequencing, strings and matching

完成时间为 4 小时
19 个视频 (总计 112 分钟), 7 个阅读材料, 2 个测验
19 个视频
Lecture: Why study this?4分钟
Lecture: DNA sequencing past and present3分钟
Lecture: Genomes as strings, reads as substrings5分钟
Lecture: String definitions and Python examples3分钟
Practical: String basics 7分钟
Practical: Manipulating DNA strings 7分钟
Practical: Downloading and parsing a genome 6分钟
Lecture: How DNA gets copied3分钟
Optional lecture: How second-generation sequencers work 7分钟
Optional lecture: Sequencing errors and base qualities 6分钟
Lecture: Sequencing reads in FASTQ format4分钟
Practical: Working with sequencing reads 11分钟
Practical: Analyzing reads by position 6分钟
Lecture: Sequencers give pieces to genomic puzzles5分钟
Lecture: Read alignment and why it's hard3分钟
Lecture: Naive exact matching10分钟
Practical: Matching artificial reads 6分钟
Practical: Matching real reads 7分钟
7 个阅读材料
Welcome to Algorithms for DNA Sequencing10分钟
Pre Course Survey10分钟
Syllabus10分钟
Setting up Python (and Jupyter)10分钟
Getting slides and notebooks10分钟
Using data files with Python programs10分钟
Programming Homework 1 Instructions (Read First)10分钟
2 个练习
Module 130分钟
Programming Homework 130分钟
2

2

完成时间为 3 小时

Preprocessing, indexing and approximate matching

完成时间为 3 小时
15 个视频 (总计 114 分钟), 1 个阅读材料, 2 个测验
15 个视频
Lecture: Boyer-Moore basics8分钟
Lecture: Boyer-Moore: putting it all together6分钟
Lecture: Diversion: Repetitive elements5分钟
Practical: Implementing Boyer-Moore 10分钟
Lecture: Preprocessing7分钟
Lecture: Indexing and the k-mer index10分钟
Lecture: Ordered structures for indexing8分钟
Lecture: Hash tables for indexing7分钟
Practical: Implementing a k-mer index 7分钟
Lecture: Variations on k-mer indexes9分钟
Lecture: Genome indexes used in research9分钟
Lecture: Approximate matching, Hamming and edit distance6分钟
Lecture: Pigeonhole principle6分钟
Practical: Implementing the pigeonhole principle 9分钟
1 个阅读材料
Programming Homework 2 Instructions (Read First)10分钟
2 个练习
Module 230分钟
Programming Homework 230分钟
3

3

完成时间为 3 小时

Edit distance, assembly, overlaps

完成时间为 3 小时
13 个视频 (总计 92 分钟), 1 个阅读材料, 2 个测验
13 个视频
Lecture: Solving the edit distance problem12分钟
Lecture: Using dynamic programming for edit distance12分钟
Practical: Implementing dynamic programming for edit distance 6分钟
Lecture: A new solution to approximate matching9分钟
Lecture: Meet the family: global and local alignment10分钟
Practical: Implementing global alignment 8分钟
Lecture: Read alignment in the field4分钟
Lecture: Assembly: working from scratch2分钟
Lecture: First and second laws of assembly8分钟
Lecture: Overlap graphs8分钟
Practical: Overlaps between pairs of reads 4分钟
Practical: Finding and representing all overlaps 3分钟
1 个阅读材料
Programming Homework 3 Instructions (Read First)10分钟
2 个练习
Module 330分钟
Programming Homework 330分钟
4

4

完成时间为 3 小时

Algorithms for assembly

完成时间为 3 小时
13 个视频 (总计 83 分钟), 1 个阅读材料, 2 个测验
13 个视频
Lecture: The shortest common superstring problem8分钟
Practical: Implementing shortest common superstring 4分钟
Lecture: Greedy shortest common superstring7分钟
Practical: Implementing greedy shortest common superstring 7分钟
Lecture: Third law of assembly: repeats are bad5分钟
Lecture: De Bruijn graphs and Eulerian walks8分钟
Practical: Building a De Bruijn graph 4分钟
Lecture: When Eulerian walks go wrong9分钟
Lecture: Assemblers in practice8分钟
Lecture: The future is long?9分钟
Lecture: Computer science and life science5分钟
Lecture: Thank yous 43
1 个阅读材料
Post Course Survey10分钟
2 个练习
Programming Homework 430分钟
Module 430分钟

审阅

来自DNA测序算法的热门评论

查看所有评论

关于 基因组数据科学 专项课程

基因组数据科学

常见问题

还有其他问题吗?请访问 学生帮助中心