Introduces to the commands that you need to manage and analyze directories, files, and large sets of genomic data. This is the fourth course in the Genomic Big Data Science Specialization from Johns Hopkins University.
提供方
基因组数据科学 专项课程约翰霍普金斯大学课程信息
22,891 次近期查看
学生职业成果
50%
完成这些课程后已开始新的职业生涯
43%
通过此课程获得实实在在的工作福利
20%
加薪或升职
可分享的证书
完成后获得证书
100% 在线
立即开始，按照自己的计划学习。
第 5 门课程（共 8 门）
可灵活调整截止日期
根据您的日程表重置截止日期。
完成时间大约为12 小时
英语（English）
字幕：阿拉伯语（Arabic）, 法语（French）, （欧洲人讲的）葡萄牙语, 中文（简体）, 意大利语, 越南语, 韩语, 德语（German）, 俄语（Russian）, 土耳其语（Turkish）, 英语（English）, 西班牙语（Spanish）
您将获得的技能
BioinformaticsSamtoolsUnixCommand-Line Interface
学生职业成果
50%
完成这些课程后已开始新的职业生涯
43%
通过此课程获得实实在在的工作福利
20%
加薪或升职
可分享的证书
完成后获得证书
100% 在线
立即开始，按照自己的计划学习。
第 5 门课程（共 8 门）
可灵活调整截止日期
根据您的日程表重置截止日期。
完成时间大约为12 小时
英语（English）
字幕：阿拉伯语（Arabic）, 法语（French）, （欧洲人讲的）葡萄牙语, 中文（简体）, 意大利语, 越南语, 韩语, 德语（German）, 俄语（Russian）, 土耳其语（Turkish）, 英语（English）, 西班牙语（Spanish）
提供方
约翰霍普金斯大学
The mission of The Johns Hopkins University is to educate its students and cultivate their capacity for life-long learning, to foster independent and original research, and to bring the benefits of discovery to the world.
教学大纲 - 您将从这门课程中学到什么
完成时间为 4 小时
Basic Unix Commands
In this module, you will be introduced to command Line Tools for Genomic Data Science
完成时间为 4 小时
12 个视频 （总计 105 分钟）, 5 个阅读材料, 2 个测验
12 个视频
Basic Unix Commands 2: Files, Directories, Paths7分钟
Basic Unix Commands 3: File Naming4分钟
Basic Unix Commands 4: Content Creation9分钟
Basic Unix Commands 5: Accessing Content I6分钟
Basic Unix Commands 6: Accessing Content II4分钟
Basic Unix Commands 7: Redirecting Content6分钟
Basic Unix Commands 8: Querying Content15分钟
Basic Unix Commands 9: Comparing Content11分钟
Basic Unix Commands 10: Archiving Content13分钟
Basic Unix Commands 11: Practical Exercises I13分钟
Basic Unix Commands 12: Practical Exercises II9分钟
5 个阅读材料
Welcome Message10分钟
Syllabus10分钟
VMBox Download & Instructions10分钟
Pre-Course Survey10分钟
Module 1 Exam Instructions **IMPORTANT**10分钟
2 个练习
Module 1 Quiz30分钟
Module 1 Exam30分钟
完成时间为 3 小时
Week Two
In this module, we'll be taking a look at Sequences and Genomic Features in a sequence of 10 presentations.
完成时间为 3 小时
11 个视频 （总计 127 分钟）, 1 个阅读材料, 2 个测验
11 个视频
Sequences and Genomic Features 2: Sequence Representation and Generation11分钟
Sequences and Genomic Features 3: Annotation14分钟
Sequences and Genomic Features 4.1: Alignment I13分钟
Sequences and Genomic Features 4.2: Alignment II9分钟
Sequences and Genomic Features 5: Recreating Sequences & Features12分钟
Sequences and Genomic Features 6: Genomic Feature Retrieval5分钟
Sequences and Genomic Features 7: SAMtools I11分钟
Sequences and Genomic Features 8: SAMtools II9分钟
Sequences and Genomic Features 9: BEDtools I15分钟
Sequences and Genomic Features 10: BEDtools II15分钟
1 个阅读材料
Module 2 Exam Instructions **IMPORTANT**10分钟
2 个练习
Module 2 Quiz30分钟
Module 2 Exam30分钟
完成时间为 2 小时
Week Three
In this module, we'll be going over Alignment and Sequence Variation in another sequence of 8 presentations.
完成时间为 2 小时
8 个视频 （总计 55 分钟）, 1 个阅读材料, 2 个测验
8 个视频
Alignment & Sequence Variation 2: Alignment & Variant Detection Tools5分钟
Alignment & Sequence Variation 3: VCF11分钟
Alignment & Sequence Variation 4: Bowtie9分钟
Alignment & Sequence Variation 5: BWA 4分钟
Alignment & Sequence Variation 6: SAMtools (mpileup)6分钟
Alignment & Sequence Variation 7: BCFtools8分钟
Alignment & Sequence Variation 8: Variant Calling5分钟
1 个阅读材料
Module 3 Exam Instructions **IMPORTANT**10分钟
2 个练习
Module 3 Quiz30分钟
Module 3 Exam30分钟
完成时间为 3 小时
Week Four
In this module, we'll be going over Tools for Transcriptomics in a sequence of 6 presentations.
完成时间为 3 小时
8 个视频 （总计 75 分钟）, 2 个阅读材料, 2 个测验
8 个视频
Tools for Transcriptomics 2: RNA-seq7分钟
Tools for Transcriptomics 3.1: Tophat I9分钟
Tools for Transcriptomics 3.2: Tophat II 8分钟
Tools for Transcriptomics 4: Cufflinks10分钟
Tools for Transcriptomics 5: Cuffdiff16分钟
Tools for Transcriptomics 6.1: Integrated Genomics Viewer I8分钟
Tools for Transcriptomics 6.2: Integrated Genomics Viewer II 6分钟
2 个阅读材料
Module 4 Exam Instructions **IMPORTANT**10分钟
Post-Course Survey10分钟
2 个练习
Module 4 Quiz30分钟
Module 4 Exam30分钟
审阅
来自用于基因组数据科学的命令行工具的热门评论
由 CW 提供Aug 5, 2020
There were some typos and confusion about the need not to follow the example code for Exam 4. However, I thought that the course was good and useful overall.\n\nThank You!
由 SC 提供Oct 17, 2016
Th lecturer could be a little more engaging and the materials used during classes, if made available would help following it better, by replicating the examples being shown.
由 AD 提供Aug 26, 2018
Very informative course. Only downside is that the example datasets/scripts are not provided (which I tend to find to be useful for learning informatics).
由 JJ 提供Jun 22, 2018
Thank you very much Dr./Professor, Liliana Florea. I've learned a lot. It's a very good opportunity to improve my knowledge. This means a lot to me.
关于 基因组数据科学 专项课程
With genomics sparks a revolution in medical discoveries, it becomes imperative to be able to better understand the genome, and be able to leverage the data and information from genomic datasets. Genomic Data Science is the field that applies statistics and data science to the genome.
常见问题
我什么时候能够访问课程视频和作业？
我订阅此专项课程后会得到什么？
Is financial aid available?
完成课程后，我会获得大学学分吗？
还有其他问题吗？请访问 学生帮助中心。
